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JChem PostgreSQL Cartridge -PostgreSQLに化学インテリジェンスを追加、パワフルでシンプルなデータベースソリューション

JChem PostgreSQL Cartridge -PostgreSQLに化学インテリジェンスを追加、パワフルでシンプルなデータベースソリューション

JChem PostgreSQL Cartridgeは、化学データベース管理および構造検索の機能をPostgreSQLに付加するケミストリーエンジンです。PostgreSQLに組み込むことでSQL言語を用いて化学データのハンドリングが可能になります。個人用データベースからエンタープライズレベルでのデータ管理に適するスケーラビリティーと高コストパフォーマンスを併せ持つ新時代の化学データベースエンジンです。

 

ChemAxonのPostgreSQLデータベース用拡張ツール

ChemAxonのJChem PostgreSQL Cartridgeは、PostgreSQLに構造検索機能をシームレスに拡張します。 化学構造を保存し、インデックスを付け、構造検索を行うという一連の処理をサポートする、動作が速くスケーラビリティーのあるソリューションを提供します。

豊富な機能

JChemの構造ハンドリングおよび構造検索機能は、PostgreSQLデータベースの拡張とJChem-psqlサービスにより提供されます。これは、任意の数のインデックス付きテーブル、さらにはテーブル中のカラム数も好きなだけ設定でき、マルチユーザーによる平行処理をサポートします。本製品が提供するMoleculeと呼ぶカラムタイプは、化学構造を保存するのに役に立ちます。このMoleculeタイプは、クライアント企業様のビジネスルールに従ってカスタマイズできます。カスタム化には、構造式の標準化および互変異性体のハンドリングを含みます。タイプには、一般的に用いられる様々な構造データフォーマットが使えます。(SMILES、v2000およびv3000のMDL molfile、MDL SDF、RXN、RDF、MRV、IUPAC名、InChI)。

化学インデックスとファイルインポート

JChem PostgreSQL Cartridgeは、Moleculeタイプ以外にも、分子の検索をスピードアップするために特別なインデックスタイプ(chemindex)を提供します。インデックスは、すべてのデータオペレーションに伴い自動的に更新されます。Molecule列における化学検索機能は、複雑なデータマイニングを可能にするSQLにシームレスに統合されています。SDファイルのインポートツールも提供されます。また、PostgreSQLビルトイン機能を使用して、SMILESまたはInChIファイルのような線形表記法をインポートすることができます。これを用いると1つのSQL文でテーブル全体をインポートできます。

本製品でサポートしている検索タイプ

  • 部分構造
  • フルフラグメント足り
  • 重複
  • スーパーストラクチャー
  • 谷本メトリックスによる類似性検索

四面体の立体化学的特徴と二重結合周辺の立体化学は、検索の際に考慮されます。互変異性体の扱いは、類似検索以外のすべての検索タイプにおいてサポートされます。加えて、Smilesなどの線形表記から分子構造への変換やその逆の変換、また異なる分子フォーマットへの変換を行うことが可能です。

JChem PostgreSQL Cartridgeの素晴らしさ

信頼のおけるフリーデータベース管理システムで化学構造管理を実現

PostgreSQLは、過去10年においてその特別な信頼性と広い有効性によって高く評価されています。その重要な利点は、システムを保有するためのトータルコストの低さです。自由度が高く、そのメンテナンスとオペレーションは大部分の他の業界標準ソリューションより非常に簡単且つ低コストです。

スケーラブルな化学エンジン

JChem PostgreSQL Cartridgeは、すべてのデータベース管理がわずか一人のユーザー本人によって行われているようなシングルユーザー・シングルホストセットアップから、企業レベルのソリューション(クラスターコンピュータ上で動かし、複数拠点からアクセスするようなグローバル企業のデータウェアハウスのバックエンドとして)に至るまで、幅広い用途に対応が可能です。そのスケーラビリティは、シングルユーザーの時と同じコストで、多数の並列ユーザーにサービスを提供することができるので、とくにウェブサーバーのデータ・バックエンドに適しています。

低コストでグループレベルのソリューションを提供

創薬研究において、何らかの理由で会社のIT基盤とは独立してプロジェクトを運営し、化学データベース自体を管理することを希望するような小さな研究グループにも、私たちはこのソリューションをお薦めします。簡単ですばやい立ち上げ、メインテナンスフリーのオペレーションが可能な本システムなら、基盤インフラの予算を低く抑えなければならない短期プロジェクト等でも採用することが可能なオプションとなるでしょう。

システムコンポーネント

本システムは、3つの主要なコンポーネントから構成されています。

  1. Cartridge 付きの PostgreSQLデータベース
  2. 化学機能を提供するJChem-psqlサーバー
  3. Cartridgeを使用するためのClientアプリケーション(本製品を利用するお客様のプログラム等。本製品には含まれません。)

Cartridgeを構成するJChem-psqlとPostgreSQLデータベースは同一の物理または仮想マシン上で動作します。化学カートリッジ機能は、PostgreSQLデータベースの拡張として提供されますので、化学機能はすべてのユーザーでシームレスに利用できます。

postgresql-cartridge-architecture_decima

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